Las siete alegaciones que la AER recoge en su escrito, con el objeto de que sean admitidas y se proceda a la modificación del borrador del decreto, afectan al siguiente articulado:
Artículo 15, referente a los núcleos zoológicos: la AER solicita que los ya inscritos en los registros actuales pasen de forma automática al nuevo registro.

Artículo 21, sobre el bienestar animal en el transporte: la AER pide que se distinga claramente la normativa aplicable al transporte de animales de producción de la aplicable a los animales de compañía, que incluyen a los perros de rehala.

Artículo 34, referente al movimiento de animales: por parte de la AER se insta a que quede claro que el requisito de la guía sanitaria para cada movimiento no es aplicable al transporte de perros, ya que para su transporte sólo es necesario la identificación, la vacunación antirrábica y, en su caso, la desinfección del vehículo.

Artículo 43, concerniente a la comunicación de movimiento de animales por los titulares de una explotación o los poseedores de animales: la AER recuerda que la normativa nacional sólo exige este requisito para los animales de producción, procedentes de explotaciones ganaderas, por lo que los perros de rehala deben ser expresamente excluidos de las obligaciones impuestas en este punto.

Artículo 47, sobre infracciones y sanciones: ante la inclusión en este artículo de infracciones nuevas que no tienen precedente, la AER estima que un decreto como el que se pretende aprobar no es instrumento normativo adecuado para ello.

Artículo 49, sobre infracciones y sanciones graves: en su apartado 33, la AER considera que debe clarificarse de forma expresa que se considera justificado, por razones de higiene y salubridad, el corte de orejas y rabo en los perros de rehala (Resolución de la Consejería de Gobernación de mayo de 2004), estableciendo un límite temporal, por ejemplo, antes de su identificación.

La séptima y última alegación a este proyecto de decreto hace referencia a una vulneración del principio de legalidad, pues tal borrador no hace distinción alguna en cuanto al régimen sancionador entre animales de compañía y animales de producción, por lo que la AER opina que debería distinguirse el tipo de animal de que se trate y mantener la situación actual en la que existe un distinto régimen sancionador según la clase de animal.